A Levéltár és a Pray György Egyháztörténeti Műhely célul tűzte ki az (egyház)történelem adta „új dolgok”, azaz eddig ismeretlen tények és összefüggések – főleg a magyar jezsuitáknak a Kárpát-medencében 450 éve betöltött szerepére és küldetésére irányuló – kutatását, és ezek érthető módon történő közvetítését. A levéltár túlnyomó részét a külföldön működő magyar provincia (1950–1989) iratanyaga, egyes rendházak 1950 előtti levéltárainak töredékei, valamint a 20. századi jezsuiták személyes hagyatékai teszik ki. A történeti könyvtár pedig a Jezsuita Rend történetéről megjelenő hazai és nemzetközi műveket gyűjti és rendszerezi.